Green Hills-ə yerləşdikdən sonra Sonic əsl qəhrəman olmaq üçün lazım olan keyfiyyətlərə sahib olduğunu sübut etməyə tələsir. Dr. Robotnik bu dəfə yeni ortağı Knuckles ilə birlikdə sivilizasiyaları məhv etmək gücünə malik bir zümrüdün axtarışı ilə geri qayıdanda əsl sınaq başlayır. Sonic köməkçisi Tails ilə komanda qurur və birlikdə zümrüdü pis əllərə keçməmişdən əvvəl tapmaq üçün dünya səyahətinə çıxırlar.