Bu dəfə Aleks, Marti, Melman, Qloriya, Kral Cülyen, Moris və hətta pinqvinlərlə şimpanzelər birlikdə Madaqaskar sahillərindəki bir adadadırlar. Onların qarşısında həll etməli olduqları bir problem var və çarə axtarışına çıxırlar. Pinqvinlər təyyarəni təmir etməyə başlayırlar, lakin havaya qalxdıqdan sonra çox uça bilmirlər. Bundan sonra onlar Afrikada özlərinə bənzər heyvanlarla qarşılaşacaqlar. Əlbəttə ki, Mərkəzi Parkdakı evlərindən daha təhlükəsiz bir yerdə olduqları çox şübhəlidir.