G.I. Joe əsgərləri yenidən çətin tapşırıqlarla geri dönür. Bu dəfə komanda təkcə ölümcül düşmənləri Kobra ilə deyil, həm də dövlətin daxilindən gələn və onların varlığını təhdid edən təhlükələrlə mübarizə aparmalı olur. Onlar dünyanı ələ keçirməyi hədəfləyən Zartan, onun tabeliyində çalışanlar və Zartanın təsiri altına düşmüş dünya liderləri ilə gərgin bir mübarizəyə girəcəklər.