Genetik cəhətdən super insan kimi təkmilləşdirilmiş Khan, meqaloman və təhlükəli bir cinayətkar olduğu üçün illər əvvəl kimsəsiz Ceti Alpha 5 planetinə sürgün edilmişdi. Oğlunun ölümü və öz bədbəxt taleyi üçün Kapitan Kirk-ü günahlandırır və intiqam hissi ilə alışıb-yanır. Komandir Chekov səhvən Khanın olduğu yerə işınlananda, bu təhlükəli düşmən nəhayət axtardığı fürsəti tapır. Qurbanlarının beyninə nəzarət edən parazit bir canlıdan istifadə edən Khan, Reliant ulduz gəmisini ələ keçirməyi bacarır. Gəmini və bir tədqiqat layihəsindən oğurladığı avadanlıqları istifadə edərək Kirk-ü məhv etməyi planlaşdırır. 'Genesis Effect' adlı layihənin əsas məqsədi sıfırdan bir planetdə canlı həyatı başlatmaqdır. Lakin yeni dünyalar yaratmaq qüdrətinə malik olan bu avadanlıq, eyni zamanda mövcud olanları məhv etmək imkanına da sahibdir. Kirk və komandası bir daha bütün gücləri və cəsarətləri ilə dostlarını xilas etməli və Khanı əbədi olaraq susdurmalıdırlar.