Kompüter proqramçısı Thomas Anderson eyni zamanda Neo fərqli adla tanınan görkəmli bir kompüter hakeri olsa da, qara kostyumlu və eynəkli adamlar tərəfindən ciddi şəkildə izlənir. Bu izləmənin səbəbini Morpheus ilə qarşılaşanda öyrənəcəkdir. Neo, Morpheus'un anlatdıqlarına inanmağa məcbur olacaqsa da, bir gün özünü böyük bir süjet içində tapacaqdır. Yaşadığımız bu dünyanın tamamilə aldatıcı olduğu məlum olacaq. Bütün insanlığa məsuliyyət aşılayan bu sistem aslında kosmosdan gələn yaratıqların qulluqdur. Neo, Trinity və Morpheus'un köməyi ilə bu nizam yıkmağa adanmış qrupa qoşulur.