Genetik kodunun kilidini açaraq əcdadlarının xatirələrinə çıxış əldə edən Callum Lynch, 15-ci əsr İspaniyasında yaşayan əcdadı Aguiların macəralarını öz yaddaşında sanki canlı şəkildə yaşayır. Gizli bir cəmiyyət olan Assassinlərin nəslindən gəldiyini öyrənən gənc, qazandığı yeni bacarıqlarla zalım və güclü Templar təşkilatına qarşı çıxır. Callum, günümüzdə də mövcud olan Templar təşkilatını məğlub etmək üçün keçmişdən gələn bilik və təcrübəsindən istifadə edəcək.