Radiasiyaya məruz qalan dörd kiçik tısbağa insan boyuna çatır və böyük bir şəhərin kanalizasiyasında özləri kimi mutasiyaya uğramış siçan Splinter usta tərəfindən döyüş sənətləri üzrə təlim keçirlər. Tısbağalara çox sevdiyi intibah dövrü rəssamları Michelangelo, Raphael, Leonardo və Donatello-nun adlarını verən Splinter, onları cinayətkarlığa qarşı mübarizəyə yönləndirir. Gözəl televiziya müxbiri April ninja tısbağaların varlığını kəşf edib onların etibarını qazandıqda, birlikdə şər qüvvə Shredder-in planlarını pozmağa çalışırlar.