İlk filmin sonunda yabancı bir gezegende değil, tarumar olmuş bir dünyanın geleceğinde olduklarını anlayan Taylor və Nova, Yasak Bölgədəki səyahətlərini davam etdirərkən Brent adlı bir kosmonavt, Taylorı axtarmağa gəlir. At sırtında tək başına dolaşan Novaya rast gəldikdə, danışmağı bilməyən gənc qadından bir şəkildə Taylorun Yasak Bölgədə itkin düşdüyünü öyrənir. Əslində Taylor, yeraltındakı tunellərlərdə yaşayan bir qrup insan tərəfindən əsir tutulur. Özlərinə görə qəribə bir dini inkişaf etdirmiş və telepatik güçləri də olan bu insanlar, maymunların Yasak Bölgəni işğal etmək üzrə olduğuna inanırlar. Əllərində hər şeyi bitirəcək çox güclü bir silah var, amma bütün bunlar gezegenin bu dəfə tamamilə yox olmasına səbəb ola biləcək kimi görünür.