Matrix filmində göstərilən hadisələrdən altı ay sonra Neo özgür insanlar üçün yaxşı bir proqnoz olduğunu sübut etdi, çünkü getdikcə daha çox insan Matrix-dən qurtulub Müqavimət-in yeganə qalası olan Zion-a aparılırıq. Neo özü super sürət, Matrix-in daxilində şeylərin kodlarını görə bilmə qabiliyyəti və müəyyən dərəcədə öncə biliş kimi super güçləri kəşf etdi. Ancaq bu müqavimətə pis xəbər var: 250.000 maşın gözətçisi Zion-u qazır və onlara 72 saat ərzində çatacaqlar. Zion son döyüşə hazırlaşarkən Peyğəmbər Neo, Morpheus və Trinity-ni Mənbəyə çatmağına kömək edəcək Açarçı-nı tapmağı söyləyir. Bu arada Neo-yu Trinity-nin ölümünü təsvir edən təkrarlanan yuxular narahat edir və sanki bu çatmasa da, Agent Smith nəsəlmə ilə qurtulub, əvvəlkindən daha güçlü olub və Neo-yu öz sonrakı hədəfi seçib.